L'episodio si apre da dove il pilota si è interrotto, con Quincy al telefono che parla in russo. Dice a chiunque sia dall'altra parte che stanno andando a Guantanamo Bay e non sa per quanto tempo staranno lì. Gli viene detto di temporeggiare. Scende dal telefono e parla con il dottor Scott, che gli dice che riforniranno le scorte a Gitmo. Quincy cerca di convincere il dottor Scott a lasciarlo andare a terra al posto suo, ma lei dice solo che ci penserà.
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In coperta, l'equipaggio della Nathan James stanno eseguendo esercitazioni tattiche in preparazione per entrare in Gitmo.
Il tenente Granderson ha istituito specialisti delle comunicazioni per eseguire i turni tenendo traccia di qualsiasi trasmissione. Li avverte che sentiranno molti segnali di pericolo, ma in nessun caso potranno rispondere. Uno chiede se la nave è ancora seguita dai russi, ma Granderson dice che non lo sanno.
X.O. Slattery viene informato che il carburante preso dalla nave da crociera italiana è danneggiato e degradato. Dice loro di rallentare la nave, ma Chandler ha ordinato alla nave di rimanere alla sua velocità attuale nonostante le condizioni del carburante.
Foster incontra Danny mentre sta mangiando. Lei cerca di contattarlo riguardo alla morte di Frankie, ma lui rimane chiuso.
Quella notte, Jeter tiene una veglia sul ponte per consentire all'equipaggio di dire preghiere per i propri cari a casa.
Il dottor Scott spiega le regole del virus a Chandler, Slattery e ad alcuni altri uomini: è aereo e i suoi sintomi includono letargia, tosse, lesioni e demenza, con un periodo di incubazione di 3-5 giorni. Crede che sia stabilizzato e dice che i cani sono immuni, mentre altri animali possono prendere il virus ma non trasmetterlo agli umani. Slattery si chiede quanto possa essere sicura, ma dice che glielo direbbe se fosse incerta.
Parlando in privato, Chandler accusa Slattery di aver cercato di indebolire il dottor Scott di fronte agli uomini. Dice che ha bisogno che il suo XO sia a bordo. Slattery dice di sì.
Un elicottero decolla dal Nathan James per esplorare la base. Nonostante fossero stati in precedenza 9.000 uomini di stanza lì, lo trovano abbandonato. I tre edifici target dell'equipaggio - l'ospedale, il deposito di carburante e il magazzino di cibo - sono sparsi, quindi inviano tre squadre. Slattery dice a Green che qualcosa sembra giusto.
Quincy e il dottor Scott stanno discutendo su chi dovrebbe andare a Gitmo fino a quando Chandler non arriva e dice loro che rimarranno entrambi, perché sono troppo preziosi per perderli. Scott si chiede cosa accadrà se perderanno Chandler, e dice che la missione continuerà nelle abili mani di Slattery. Scott dice che, dopo la scorsa notte, non è così sicura.
Scott va al centro di comando mentre le squadre si muovono. Foster le mostra che Green ha una telecamera in testa in modo che possa vedere tutto ciò che vede e comunicare con lui per assicurarsi di ottenere tutto ciò di cui ha bisogno. Scott nota quanto tutti siano freddi nei suoi confronti per aver mentito per mesi e lei cerca di spiegare che aveva ordini dal Pentagono.
Le squadre di Gitmo hanno 60 minuti d'aria con allora, che cercano di conservare. La squadra del carburante raggiunge la sua destinazione, ma deve trovare una ruota della valvola per iniziare il rifornimento.
Quincy cerca di far esplodere del gas velenoso sulla nave, ma viene fermato da Rios. Quincy lo spaccia come un tentativo di spegnere il condizionatore d'aria nella sua stanza.
La squadra del carburante trova la valvola e la nave inizia a rifornirsi. La squadra dell'ospedale trova molti infetti. Scott elenca tutte le cose di cui ha bisogno, ma individua una centrifuga quando la vede.
La squadra del cibo si imbatte in un corpo appeso a un Humvee. Cominciano a indossare le maschere quando un uomo con una pistola corre verso di loro, urlando che è un americano e che devono scappare. L'Humvee esplode.
La squadra del cibo si alza e avvisa la nave e le altre squadre che sono sotto attacco da parte di ostili sconosciuti. L'uomo che è corso verso di loro urlando cerca di convincere la squadra del cibo che è dalla loro parte. Dice loro che è stata Al-Qaeda a piazzare la bomba e ad attaccare. È una guardia privata, l'ultimo dei numerosi sopravvissuti che hanno liberato i prigionieri, immaginando che il virus annullerebbe qualsiasi alleanza politica passata. I prigionieri si voltarono su di loro, lasciandolo come l'unico rimasto. Dice che ci sono 14 prigionieri ancora vivi. Diversi sono andati a fare la guardia al cibo, ma tre sono andati verso la nave con i lanciarazzi. Slattery interrompe il rifornimento. L'uomo si presenta come Tex e dice a Chandler che può farlo entrare nel magazzino alimentare se è disposto a sporcarsi le mani.
All'ospedale sono rimasti solo 12 minuti di aria. Nonostante Scott abbia detto a Green che dovrebbe andare, Green continua a raccogliere attrezzatura e dice alla sua squadra che saranno fuori tra dieci minuti.
Slattery scopre che la nave sta ancora rifornendo. La squadra del carburante dice che la valvola è congelata. Continuano a provare, ma lo stelo della valvola ha sparato e non riescono a spegnere il carburante. Vengono attaccati da Al-Qaeda e l'ingegnere capo viene ferito. Si rendono conto che Al-Qaeda sta mirando al serbatoio del carburante. Il Nathan James fa fuoco con uno dei cannoni della nave, eliminando gli assalitori. Rios esce per fornire assistenza medica.
Tex guida la squadra di Chandler verso il magazzino. Lungo la strada, scoprono che uno degli uomini di Tex è morto e appeso a una staccionata.
Con meno di cinque minuti d'aria rimasti, la squadra dell'ospedale cerca di andarsene, ma le porte sono state incatenate e Al-Qaeda spara contro di loro dall'esterno.
Slattery dice che invierà la squadra di Chandler ad aiutare la squadra dell'ospedale, ma Green dice di non farlo. Ha un'idea. Nel frattempo, nel magazzino scoppia uno scontro a fuoco. Green manda i suoi uomini sul tetto per eliminare gli uomini di Al-Qaeda, poi fa saltare le porte dell'ospedale per uscire. All'uscita, altri uomini sparano contro di loro e ne feriscono uno. Con Rios già alla pompa del carburante, Slattery manda Scott.
Lo scontro a fuoco continua nel magazzino alimentare. Tex accoltella un terrorista con il suo stesso coltello.
Scott arriva sulla spiaggia per curare i feriti. Green è arrabbiato perché Rios non c'è, ma Scott riesce a fermare l'arteria sanguinante.
Due membri di Al-Qaeda portano Tex come ostaggio davanti a Chandler.
Il terrorista, Amir, chiede che metà del cibo venga lasciato indietro. Chandler cerca di calmarlo, ma non ascolta. Parla in un modo che segretamente dà il Nathan James l'ordine di sparare proiettili come distrazione. Lo fanno e la squadra elimina i terroristi. Chandler invita Tex a bordo e lui accetta.
La nave sta caricando le sue provviste. Quincy dice all'equipaggio che una macchina si è ribaltata in laboratorio e che avrà bisogno di 3-4 ore per ricalibrarsi prima che possano partire. Proprio in quel momento una nave che afferma di essere britannica Suffolk si muove verso il Nathan James . Chiedono cibo e un'associazione e Chandler accetta di incontrarli.
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Scott sta aiutando Rios nell'infermeria. Il verde sembra essersi affezionato a lei. Chandler chiede una parola con lei. Le dice che non ha nulla da dimostrare e che non deve farlo di nuovo.
Green sta esaminando le cose di Franklin quando arriva Foster. Dice che dovrebbe metterlo insieme per la famiglia di Franklin, ma non è sicuro che sia rimasto qualcuno a cui inviarlo. Comincia a piangere e Foster lo conforta.
Granderson dice a Chandler che non possono confermare il segnale dal Suffolk , ma non credono che sia inglese. La nave appare e Chandler vede che è la russa. Il comandante russo dice che Nathan James ha qualcosa che vuole.
